Im Herbst 1940 wurde die Situation in Estland sehr viel angespannter. Im Oktober schickte Erzbischof Profittlich einen ersten Brief nach Rom, in dem er um Rat fragte, was zu tun sei – ob er bei seiner Herde in Estland bleiben solle oder nach Deutschland zurückkehren. Bis zum 15. November 1940 musste Profittlich seine Entscheidung der Deutschen Botschaft mitteilen. der Deutschen Botschaft mitteilen. Doch aus dem Vatikan kam keine Antwort. Darauf sendete Erzbischof Profittlich ein neues Schreiben nach Rom an Kardinal Maglione und informierte ihn über die Lage der Kirche in Estland.

Erzbischof Eduard Profittlich, der für sich sehr wohl entschieden hatte, nach Deutschland zurückzukehren, versuchte dennoch erneut Kontakt mit Rom aufzunehmen, und schickte im Januar 1941 einen weiteren Brief dorthin. Einen Monat später, im Februar 1941, traf ein Brief über die Berliner Nuntiatur ein, worin der apostolische Nuntius Orsenigo (1873–1946) ihn über die Entscheidung des Heiligen Vaters informierte – dem Diener des Herrn sei die Freiheit gegeben zu tun, was er im Namen des Herrn für das Beste halte. Doch die Entscheidung müsse das Wohl der dem Oberhirten anvertrauten Seelen berücksichtigen. Profittlich erkannte im Gebet und in durch Reflektion, dass er bei seiner Herde bleiben solle. Er nahm sein Schicksal mit großem Vertrauen und fester Überzeugung an. Profittlich schrieb erneut nach Rom, informierte den Papst über seine Entscheidung und bat den Heiligen Vater um seinen Segen. Ebenso teilte Profittlich seinen Verwandten in Deutschland mit, dass er sich dafür entschieden habe, in Estland zu bleiben.

„Es geziemt sich ja wohl, dass der Hirte bei seinen Schafen bleibt und mit ihnen Freud und Leid gemeinsam trägt. Und ich muss sagen, dass der Entschluss zwar einige Wochen Vorbereitungen kostete, ich ihn dann aber nicht etwa mit Furcht und Angst gefasst habe, sondern sogar mit großer Freude […]. ch hätte es jedem sagen mögen, wie gut doch Gott gegen uns ist, wenn wir uns ihm ganz hingeben, wie glücklich man doch werden kann, wenn man bereit ist, alles, Freiheit und Leben für Christus dahinzugeben. […] Ich weiß, Gott wird mit mir sein. Und dann wird schon alles gut sein. Und mein Leben und, wenn es sein soll, mein Sterben, wird ein Leben und Sterben für Christus sein. Und das ist überaus schön.“

In der Nacht des 27. Juni 1941 wurde Profittlich verhaftet und seine Dienstwohnung, die sich bei der römisch-katholischen Kirche in der Vene tänav (Russische Straße) in Tallinn befand, durchsucht. Wir wissen aufgrund von Aussagen verschiedener Zeugen, dass Profittlich die Beamten des sowjetischen Geheimdienstes, die ihn verhafteten, darum bat, kurz in die Kirche St. Peter und Paul zu gehen, um dort zu beten. Dies wurde ihm erlaubt. Nach einem kurzen Gebet vor dem Altar, wo sich die Katholiken auch heute versammeln, um die Heilige Eucharistie zu empfangen, begann für den Diener Gottes Eduard Profittlich der Weg nach Golgatha.

Er wurde nach Kirov ins Gefängnis gebracht. Die Stadt Kirov liegt 800 km nordöstlich von Moskau entfernt und wir wissen nicht, wie lange der Weg von Estland nach Kirov damals dauerte. Es ist bekannt, dass ein Zug mit Verhafteten am 7. Juli 1941 in Kirov eintraf. Wahrscheinlich befand sich auch Eduard Profittlich unter ihnen.

Sein erstes Verhör erfolgte im August 1941. Sämtliche Verhöre fanden nachts statt und es kann nur vermutet werden, welche seelischen und physischen Leiden und Schwierigkeiten der Oberhirte im fernen, sowjetischen Russland in der Gefängniszelle erlitt. . Die Verhöre erfolgten bis November, dann wurde ein Gerichtsurteil für Profittlich gefällt. Der Gerichtshof des Kirover Oblasts der Russischen SFSR befand, dass die Schuld des Angeklagten bewiesen sei und vom Gericht bestätigt wurde, nämlich dass er sich an der verbotenen Unterstützung der Auswanderung der Mitarbeiter der katholischen Kirche schuldig gemacht habe, sowie an konterrevolutionären Aktivitäten und antisowjetischer Agitation in der Kirche. Das Gericht verurteilte Eduard Profittlich gemäß §58 Artikel 58.12 und 58.10 zum Tod durch Erschießen. Doch, noch bevor das Gerichtsurteil vollstreckt werden konnte, starb der unschuldig verurteilte Erzbischof Profittlich am 22. Februar 1942 im Gefängnis von Kirov.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row]