1930. aastate lõpuks oli kogu Euroopa poliitiline olukord muutunud pingelisemaks, samuti oli Eesti sisepoliitikas märgata demokraatia nõrgenemist. 1939. aastal sõlmiti Stalini ja Hitleri juhitud riikide vahel Molotovi-Ribbentropi pakt, millega Euroopa nende riikide mõju-aladeks jagati. Juunis 1940 okupeeris Nõukogude Liit Eesti, see ei olnud üksnes poliitilise olukorra muutus, vaid hakkas mõjutama ka siinsete usuliste ühenduste ja kirikute tegevust.
Ning minu elu ja – kui see nii peab olema – minu surm saab olema elu ja surm Kristuse eest.
Осенью 1940 года ситуация в Эстонии стала особенно напряженной. В октябре архиепископ Профитлих отправил первое письмо в Рим, спрашивая совета: остаться при пастве в Эстонии или уехать в Германию. Профитлих должен был сообщить о своем решении в немецкое посольство к 15 ноября 1940 года. Однако ответа из Ватикана всё не было. Тогда архиепископ Профитлих спешно посылает новое письмо римскому кардиналу Мальоне, информируя его о положении церквей в Эстонии.
Решив ехать в Германию, архиепископ Эдуард Профитлих всё же пробует еще раз связаться с Римом и отправляет новое письмо в январе 1941-го. Месяц спустя, в феврале, через берлинскую нунциатуру ему приходит ответ, в котором апостольский нунций Орсениго (1873–1946) сообщает решение Святого Отца. Слуге Божьему дана свобода делать то, что он считает наилучшим во имя Господа, однако решение должно учитывать благополучие вверенных архиепископу душ. Помолившись и прислушавшись к себе, Профитлих чувствует, что должен остаться при пастве. Он с большим доверием и твердым убеждением идет навстречу судьбе. Профитлих снова сообщает в Рим о своем решении Папе и просит благословения Святого Отца. Также он информирует родственников в Германии о том, что решил остаться в Эстонии:
«Ведь верно, что пастух остается при своих овцах и делит с ними радость и горе. И я должен сказать, что на принятие этого решения потребовалось несколько недель, однако родилось оно не в ужасе и страхе, а в большой радости. [—]. Я хотел бы сказать всем, как милосерден к нам Господь, когда мы полностью отдаем себя Его власти, какими счастливыми мы можем стать, когда готовы принести всю свою жизнь и свободу в жертву Христу. Я знаю, что со мной Бог и всё будет хорошо. А моя жизнь и, если потребуется, моя смерть будут жизнью и смертью во Христе. И это несказанно прекрасно».
В ночь на 27 июня 1941 года в служебной квартире Профитлиха в Таллинне, находившейся при Римско-католической церкви на улице Вене, произошел арест с обыском. На основе показаний нескольких свидетелей известно, что Профитлих попросил ненадолго отпустить его в Собор Петра и Павла помолиться. Ему разрешили. После короткой молитвы перед алтарем, где и сегодня католики принимают Святое Причастие, начался путь слуги Божьего Профитлиха на Голгофу.
Его отвезли в Кировскую тюрьму в 800 км к северо-востоку от Москвы. Мы точно не знаем, сколько занял путь из Эстонии в Киров. Известно, что поезд с арестантами прибыл в Киров 7 июля 1941 года. Вероятно, среди них был и Эдуард Профитлих. Первый допрос состоялся в августе 1941-го. Допросы проходили ночью, и можно только догадываться, какие моральные и физические страдания претерпевал архиепископ на чужбине, в тюремной камере Советской России. Допросы продолжались до ноября, когда Профитлиху был вынесен приговор.
Судебная коллегия РСФСР в Кировской области посчитала вину обвиняемого доказанной. Суд подтвердил его вину в содействии отъе
зду персонала католической церкви, а также в контрреволюционной деятельности и агитации в храме. На основании части 12 ст. 58 и части 10 II ст. 58 Уголовного кодекса РСФСР суд приговорил Эдуарда Профитлиха к смертной казни через расстрел. Однако 22 февраля 1942 года безвинно осужденный Профитлих скончался в Кировской тюрьме до того, как приговор был приведен в исполнение.