1930. aastate lõpuks oli kogu Euroopa poliitiline olukord muutunud pingelisemaks, samuti oli Eesti sisepoliitikas märgata demokraatia nõrgenemist. 1939. aastal sõlmiti Stalini ja Hitleri juhitud riikide vahel Molotovi-Ribbentropi pakt, millega Euroopa nende riikide mõju-aladeks jagati. Juunis 1940 okupeeris Nõukogude Liit Eesti, see ei olnud üksnes poliitilise olukorra muutus, vaid hakkas mõjutama ka siinsete usuliste ühenduste ja kirikute tegevust.
Ning minu elu ja – kui see nii peab olema – minu surm saab olema elu ja surm Kristuse eest.
1940. aasta sügisel muutus olukord veelgi pingelisemaks Eestis. Oktoobris saadab peapiiskop Profittlich esimese kirja Rooma, küsides nõu, mida teha – kas jääda oma karja juurde Eestisse või lahkuda Saksamaale. Profittlich peab oma otsusest Saksa saatkonda teada andma 15. novembriks 1940. Kuid Vatikanist pole tulnud veel vastust. Seejärel saadab peapiiskop Profittlich kiiresti uue kirja Rooma kardinal Maglionele, informeerides teda kiriku olukorrast Eestis.
Peapiiskop Eduard Profittlich, olles endamisi küll otsustanud, et lahkub Saksamaale, proovib siiski veel üks kord võtta ühendust Roomaga ning saadab uue kirja jaanuaris 1941. Sellele saabub vastus kuu hiljem, veebruaris, läbi Berliini nuntsiatuuri, kus apostellik nuntsius Orsenigo (1873–1946) annab talle teada Püha Isa otsuse – Jumala sulasele on antud vabadus teha, mida ta Jumala nimel kõige paremaks peab, kuid otsus peab arvestama ülemkarjasele usaldatud hingede heaolu. Profittlich tunneb läbi palve ja sisevaatluse ära, et jääb oma karja juurde. Ta läheb vastu oma saatusele suure usalduse ja kindla veendumusega. Profittlich kirjutab taas Rooma ja annab teada oma otsusest paavstile ning palub Püha Isa õnnistust. Samas informeerib Profittlich sugulasi Saksamaal, et otsustab jääda Eestisse:
„On ju ometigi õige, et karjane jääb oma lambukeste juurde ja jagab nendega rõõmu ja muret. Ning ma pean ütlema, et selle otsuse langetamiseks oli vaja küll mõni nädal ettevalmistust, kuid see ei sündinud hirmus ja kartuses, vaid hoopis suure rõõmuga [—]. Oleksin tahtnud kõigile öelda, kui hea on Jumal meie vastu, kui me andume talle täiesti, kui õnnelikuks me võime saada, kui oleme valmis ohverdama kogu oma elu ja vabaduse Kristusele. Ma tean, et Jumal on minuga. Ja siis läheb kõik hästi. Ning mu elu ja kui vaja, siis ka mu surm on elu ja surm Kristuses. Ja see on nii äraütlemata ilus.”
27. juuni öösel 1941 toimuski arreteerimine koos läbiotsimisega Profittlichi ametikorteris, mis asus Rooma-Katoliku Kiriku juures Vene tänaval Tallinnas. Erinevate tunnistajate ütluste põhjal on teada, et Profittlich palus arreteerijatelt korraks minna Peeter-Paulikatedraali, et mõne hetke palvetada. Seda talle lubati. Pärast väikest palvust altari ees, kus katoliiklased ka tänapäeval kohtuvad, et võtta vastu püha Armulauda, algas Jumala sulase Profittlichi Kolgata tee.
Ta viidi Kirovi vanglasse. Kirovi asula asub Moskvast 800 km kaugusel kirdes ja me tegelikult ei tea, kui pikk oli ajaliselt teekond Eestist Kirovisse. On teada, et rong arreteeritutega saabus Kirovisse 7. juulil 1941. Tõenäoliselt oli nende hulgas ka Eduard Profittlich.
Esimene Profittlichi ülekuulamine toimus augustis 1941. Kõik ülekuulamised toimusid öösiti ja võib oletada, milliseid moraalseid ja füüsilisi kannatusi ning raskusi kandis ülemkarjane kaugel Nõukogude Venemaa vangikongis. Ülekuulamised toimusid kuni novembrini, kui määrati Profittlichile kohtuotsus. Vene NFSV Kirovi oblasti kohtukolleegium leidis, et süüdistatava süü on tõendatud ja kohus kinnitanud tema süüd katoliku kiriku personali väljarändamisele keelatud kaasaaitamises ning revolutsioonivastases tegevuses ja agitatsioonis kirikus. Kohus mõistis Eduard Profittlichile Vene NFSV kriminaalkoodeksi § 58 lõige 12 alusel ja § 58 lõige 10 II alusel surmanuhtluse mahalaskmise läbi. Kuid alusetult süüdimõistetu Profittlich suri Kirovi vanglas 22. veebruaril 1942, enne kui kohtuotsus täide viidi.